ЕМРПТ ФГБОУ ВО «АГТУ» сотрудничает с предприятиями и организациями Краснодарского края и Ростовской области, выступающими в качестве работодателей для выпускников, а также с предприятиями центральной России и Дальнего Востока: ООО «Росморпорт»; УПС «Крузенштерн»; УПС «Седов»; ФГУП «Росморпорт»; Ейский ПСО МЧС; ОАО «Донречфлот»; ОАО «Океанрыбфлот»; Судоходная кампания «АЛБРОС-ДОН»; ФЭО Ейское управление АЧБФ ФГУП «Росморпорт»; ООО «Фирма «Связь»; ООО «Квант»; МУП «Ейск-Электрон-Сервис»; Ейский ПСО МЧС; ООО «Тиса»; СДК «Ясенская»; ИП Братерская Т.Л.; ФГБУ АМП «Новороссийск»; ООО «Фирма связь»; ОАО «ПБТФ»; ИП Григоренко Г.В.; ИП Лаврович К.А. «Гарант плюс»; ООО «Система»; ООО «Факт»; ОАО «Мурманский траловый флот» г. Мурманск; РЫБКОЛХОЗ им. Хвалюна, Темрюкский район; РЫБКОЛХОЗ им. Суворова, Ейский район; ООО «Связьтрансстрой», г. Новороссийск; Филиал Черноморско-Азовского пограничного Управления береговой охраны; ООО «Новошип», г. Новоросийск; ОАО «Палмали»; ЗАО «Азовская судоремонтная компания».
Оперативная связь для отслеживания дальнейшей судьбы выпускников осуществляется отделом содействия трудоустройству выпускников, где вся информация сводится, обобщается и анализируется. С 2011 года в ЕМРПТ ФГБОУ ВО «АГТУ» осуществляет мониторинг трудоустройства выпускников посредством поддержания постоянной обратной связи.